输精管疼痛可能由多种原因引起。一般来说，附睾炎是常见原因之一，附睾炎患者中约有一定比例会出现输精管疼痛情况，多是细菌感染等导致附睾发炎，炎症波及输精管引发疼痛。
炎症因素导致
附睾炎引发： 细菌等病原体感染附睾，炎症蔓延可能波及输精管，导致输精管疼痛，常伴有附睾部位红肿、坠胀感，部分患者体温可能轻度升高。精囊炎导致： 精囊发生炎症时，也可能影响到输精管，引起输精管疼痛，同时可能出现血精现象，即精液中带血。
损伤因素引起
外伤造成： 下腹部、会阴部等部位受到外伤，有可能损伤到输精管，从而引起疼痛，比如剧烈运动时的撞击等情况可能导致这种外伤。医源性损伤： 一些男科手术等医疗操作过程中，如果操作不当，也可能损伤输精管，术后出现输精管疼痛的情况。
其他因素影响
输精管堵塞： 输精管堵塞时，也可能出现疼痛不适，比如先天性输精管发育异常导致的堵塞，或者后天炎症等引起的堵塞，都可能引发输精管疼痛。精索静脉曲张： 精索静脉曲张严重时，也可能牵扯到输精管，导致输精管疼痛，患者可能会感觉到阴囊部位有坠胀感，并且疼痛可能会放射到输精管区域。