病毒性软疣目前并没有所谓完全根治且百分百有效的单一方法，但可以通过多种方式来处理。一般来说，医生会采用局部治疗等方式，比如用镊子将软疣小体挤出等操作。
局部治疗方法
镊子挤压法：医生会用消毒后的镊子将软疣的小体逐个挤出，这需要在正规医疗场所由专业医生操作。挤出后通常会涂抹一些碘伏进行消毒，防止感染。一般操作一次可能就能处理一部分软疣，但如果软疣较多可能需要多次操作。刮除术：使用特殊的刮匙将软疣刮除，之后也需要进行消毒处理。这种方法对于单个较大的软疣比较适用。
药物辅助治疗
抗病毒药物：在某些情况下，医生可能会根据病情辅助使用一些抗病毒药物，不过单纯依靠药物根治病毒性软疣不是主要的手段。例如一些干扰素等药物可能会在一定程度上调节机体免疫，辅助清除病毒相关情况，但不能单独依靠药物就完全根治软疣。
预防复发措施
注意个人卫生：要保持皮肤清洁，勤洗澡、勤换衣物。特别是在公共浴室、泳池等场所后，更要注意及时清洁身体。因为病毒性软疣可以通过直接接触或者间接接触传播，保持良好的个人卫生能减少再次感染的机会。避免搔抓：皮肤出现软疣后，要避免用手搔抓，防止自身接种传播，导致软疣越来越多。如果搔抓导致皮肤破损，还容易引起继发感染。增强免疫力：通过合理饮食、适当运动等方式来增强自身免疫力。比如保证均衡的营养摄入，多吃蔬菜水果等富含维生素的食物，每周进行适量的运动，像散步、慢跑等，一般每周运动3 - 5次，每次30分钟左右，有助于提高身体的抵抗力，降低病毒性软疣复发的风险。