病毒性软疣主要通过局部治疗来去除，比如医生会用镊子将软疣小体夹破，挤出内容物，然后外涂碘酊等进行处理，一般处理后1~2周能逐渐恢复。
局部治疗方法
镊子夹除： 医生会用专门的镊子，把软疣的小体一个一个夹掉，操作时要注意无菌，夹完后局部可能会有点红，一般处理后保持局部清洁就行。刮除术： 用刮匙将软疣疣体刮除，然后再涂抹一些药物防止感染，比如碘伏等，不过刮除后要避免沾水，防止继发细菌感染。
药物辅助治疗
外用药物： 可以使用维A酸软膏等，维A酸软膏能调节上皮细胞的生长和分化，对软疣有一定的辅助治疗作用，但效果相对局部夹除等方法可能慢一些。三氯醋酸： 对于较小的软疣，也可以用三氯醋酸涂抹，不过使用时要注意不要涂到周围正常皮肤，以免刺激正常皮肤。
注意事项
避免搔抓： 患者自己不要用手去搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致病毒扩散，引起更多的软疣出现。个人卫生： 要注意个人卫生，保持皮肤清洁，勤换衣物，尤其是贴身的衣物，防止病毒在自身传播。公共场所注意： 在公共浴室、泳池等场所要注意，避免接触可能被污染的物品，防止感染软疣病毒。如果家里有其他人也有软疣，要注意分开使用毛巾、衣物等物品，避免交叉感染。