病毒性软疣主要通过局部治疗来去除，一般可以采用刮除术，这是比较常用的方法，通常在门诊就可进行。
局部治疗方法
刮除术： 医生会用特制的刮匙将软疣小体完全刮除，然后外涂碘酊等防止感染，这个过程相对简单，一般能较快解决问题。冷冻治疗： 利用低温的液氮使软疣组织坏死脱落，冷冻治疗后局部可能会有轻度肿胀，1 - 2周左右可恢复。
药物辅助治疗
维A酸软膏： 对于不宜采用刮除术的患者，可在局部涂抹维A酸软膏，不过起效相对较慢，可能需要连续使用数周。斑蝥素： 斑蝥素也可用于治疗病毒性软疣，但使用时要注意避免接触正常皮肤，防止造成损伤。
日常注意事项
避免搔抓： 患病部位不要搔抓，以免引起自身接种，导致皮疹扩散。因为搔抓后病毒可能会传播到身体其他部位，使更多皮肤出现软疣。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换衣物。贴身衣物最好用开水烫洗，在阳光下暴晒，这样可以杀死可能残留的病毒，防止交叉感染。公共场所注意： 在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，避免接触传染源。因为病毒性软疣具有一定传染性，在这些公共场所接触到被污染的物品可能会感染病毒。