轻微小孩智力低下的原因有多种。其中遗传因素是常见原因之一，比如某些单基因遗传病，约有20%左右的智力低下儿童是由遗传因素导致，像脆性X综合征就与X染色体上的基因突变有关。
先天性因素
孕期感染：孕妇在妊娠早期如果感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可通过胎盘影响胎儿的神经系统发育，从而增加小孩智力低下的风险。例如，妊娠早期感染风疹病毒，胎儿出现智力低下等先天性缺陷的概率会明显升高。孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触铅、汞等重金属，或者长期处于放射性环境中，也可能影响胎儿大脑发育。比如长期接触铅，会干扰胎儿脑细胞的正常代谢，影响智力发育。
出生时因素
早产或低出生体重：早产儿（胎龄小于37周）和低出生体重儿（出生体重小于2500克），由于其大脑发育尚未完全成熟，更容易出现智力低下等问题。一般来说，胎龄越小、出生体重越低，发生智力低下的可能性越大。出生时缺氧：分娩过程中发生脐带绕颈、胎盘早剥等情况，导致胎儿在宫内缺氧，会影响大脑的正常发育，进而可能引起智力低下。据统计，出生时缺氧的新生儿中，约有一定比例会出现不同程度的智力问题。
出生后因素
脑部疾病：小孩出生后患上脑炎、脑膜炎等脑部感染性疾病，如果没有得到及时有效的治疗，炎症会损伤脑部神经细胞，影响智力发育。比如儿童期患化脓性脑膜炎，若治疗不及时，就可能遗留智力低下等后遗症。严重营养不良：在小孩成长过程中，如果长期营养不良，尤其是缺乏蛋白质、维生素B12、叶酸等营养物质，会影响大脑的正常发育，导致智力发育迟缓。例如长期蛋白质摄入不足，会使大脑细胞的生长和修复受到影响，进而影响智力水平。