药物流产后做清宫手术会有疼痛。具体如下：
一、在手术过程中，器械进入宫腔以及子宫收缩均会让患者产生明显疼痛感。所以，对于确实惧怕疼痛的患者，在条件允许时可选择无痛清宫。无痛清宫会进行麻醉，使患者在手术中处于全麻状态，基本感受不到疼痛，这样能最大程度减轻患者痛苦，也利于医生更好操作。
1.清宫手术所使用的器械类似长柄勺子，深入子宫将残留物刮出。清宫手术前一定要做B超。在清宫手术前较为痛苦，但现在可采用静脉麻醉。做清宫手术一定要去正规医院。
2.药流术后因服用了米非司酮、米索前列醇，宫颈已软化，所以疼痛会比普通人工流产有所减轻。
二、如果是在不正规医院，可能会特别疼。一些没有经验的医生若用力过猛可能会穿透子宫，也会很疼，所以务必到正规医院进行。
总之，药物流产后清宫手术有疼痛，可根据自身情况选择是否进行无痛清宫，且要选择正规医院以保障手术安全和效果。