口腔溃疡的病因较为多样，其中约20%-30%的复发性口腔溃疡与遗传因素有关，若家族中有多人反复出现口腔溃疡，那么个体患病风险会增加。
一、局部创伤因素
口腔黏膜损伤： 比如刷牙时用力过猛，不小心刮伤口腔黏膜；或者吃了过于尖锐、粗糙的食物，像脆硬的薯片划破了口腔里的软组织，这些机械性的局部创伤都可能引发口腔溃疡。一般来说，这种因创伤导致的口腔溃疡，只要避免再次刺激，通常1-2周能自行愈合，但如果持续不愈，就需要就医检查。假牙不合适： 佩戴的假牙如果不合适，比如边缘过于锐利，长时间摩擦口腔黏膜，也会诱发口腔溃疡。而且这种情况引起的溃疡可能会反复出现，因为假牙的刺激持续存在。
二、免疫系统异常
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。例如，患有白塞病的患者，除了口腔溃疡外，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状，这类患者的免疫系统异常较为明显，口腔溃疡往往反复发作，且病程较长。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如长期疲劳、睡眠不足、患有某些慢性疾病（如糖尿病、贫血等），就容易受到病原体的侵袭，进而引发口腔溃疡。像艾滋病患者，由于免疫系统严重受损，口腔溃疡的发生率就会大大增加，而且往往很难治愈。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6、B12等，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致口腔溃疡的发生。比如长期饮食不均衡，不爱吃蔬菜水果的人，就容易出现维生素缺乏性口腔溃疡。一般通过补充相应的维生素，调整饮食结构后，溃疡情况会有所改善。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素的缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺铁会影响血红蛋白的合成，导致机体免疫力下降，从而引发口腔溃疡。例如，孕妇在孕期如果缺乏锌和铁，就比较容易出现口腔溃疡的情况。