长口腔溃疡的病因有多种。据统计，大约20%的人会受到口腔溃疡的困扰。
一、局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 比如牙齿有残根、残冠或者不合适的假牙，长期摩擦口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。比如牙齿有锐利的边缘，经常刺激颊黏膜，就可能导致局部出现溃疡。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔内侧、舌头等部位，伤口如果没有及时处理好，也会发展成口腔溃疡。比如吃东西太快，牙齿不小心碰到口腔黏膜，就可能造成创伤性溃疡。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等维生素时，容易长口腔溃疡。例如，长期吃素的人，如果不注意补充这些维生素，就比较容易出现口腔溃疡的情况。一般来说，正常成年人每天需要摄入一定量的维生素B₂，大约1.2 - 1.5毫克，缺乏时就可能引发问题。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种代谢活动，缺乏锌会影响细胞的正常分裂和修复，从而增加长口腔溃疡的几率。正常成年人每天锌的摄入量建议在10 - 15毫克左右，缺乏时易发病。
三、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，导致口腔溃疡反复发作。比如患有自身免疫性疾病的患者，如白塞病，口腔溃疡往往是其典型症状之一，而且容易反复出现，难以自愈。免疫力低下： 当人体整体免疫力下降时，比如劳累过度、长期睡眠不足、患有慢性疾病等情况下，口腔黏膜抵御病菌的能力减弱，就容易被病菌感染而长口腔溃疡。例如，长期熬夜的人，身体免疫力降低，相对来说更容易长口腔溃疡。