口腔溃疡的病因较为复杂，一般认为有多种因素共同作用。据统计，约20% - 30%的人会受到口腔溃疡的困扰。
一、局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 当口腔内有残根、残冠或者不合适的假牙时，这些异物会不断摩擦口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。比如，长期佩戴不合适假牙的人群，就容易在假牙边缘对应的口腔黏膜部位出现溃疡。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔黏膜，或者牙齿误咬到嘴唇、脸颊等部位的黏膜，伤口如果没有及时愈合，就可能发展成口腔溃疡。比如在快速进食比较硬的食物时，就容易发生这种情况。
二、免疫系统因素
免疫力下降时易发病： 当人体免疫力低下时，比如过度疲劳、睡眠严重不足、患有某些慢性疾病等情况下，口腔内原本潜伏的病毒或细菌就容易活跃起来，引发口腔溃疡。例如，长期熬夜的人，免疫系统功能会受到影响，患口腔溃疡的几率就会增加。自身免疫性疾病关联： 像白塞病等自身免疫性疾病，也常常会伴有口腔溃疡的症状。这类疾病会导致免疫系统错误地攻击自身组织，从而在口腔等部位出现溃疡等表现。
三、营养缺乏因素
缺乏维生素： 缺乏维生素B族（如维生素B₂、B₁₂等）以及维生素C时，容易引发口腔溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况。以维生素B₂为例，它参与口腔黏膜的代谢，如果缺乏就会影响黏膜的正常修复，进而引发溃疡。缺乏微量元素： 缺乏铁、锌等微量元素也可能导致口腔溃疡。铁元素参与人体多种生理功能，锌元素对维持口腔黏膜的完整性有重要作用，当体内这两种微量元素缺乏时，就容易出现口腔溃疡。例如，素食者如果不注意合理补充铁和锌，就较易患上口腔溃疡。