肠炎的治疗药物需根据病因和病情来选择，一般来说，常用的药物有以下几类。首先，对于感染性肠炎，如果是细菌感染引起的，常用抗生素，比如诺氟沙星等喹诺酮类药物有一定效果，但18岁以下人群通常不建议使用喹诺酮类抗生素。
抗感染药物
细菌感染相关： 若为细菌感染导致的肠炎，像大肠杆菌引起的，可选用头孢类抗生素，不过使用前需确认患者无头孢过敏史。而对于病毒感染引起的肠炎，目前并没有特效的抗病毒药物，主要是对症支持治疗。
止泻药物
肠黏膜保护剂： 比如蒙脱石散，它能吸附肠道内的毒素和病菌，起到止泻作用。成人和儿童都可以使用，一般每次服用3克左右，用温水冲服。抑制肠道蠕动药物： 像洛哌丁胺，能减少肠道蠕动从而止泻，但对于感染性肠炎伴有发热、脓血便的患者要谨慎使用，避免掩盖病情。
调节肠道菌群药物
益生菌类： 例如双歧杆菌四联活菌片，它可以调节肠道菌群平衡，改善肠道功能。一般来说，成人一次服用2 - 3片，儿童用量需酌减。还有枯草杆菌二联活菌颗粒，也能调节肠道菌群，适用于儿童肠炎患者，用低于40℃的温水或牛奶冲服。
补液药物
口服补液盐： 当肠炎引起腹泻导致脱水时，口服补液盐很重要。成人和儿童都可服用，要按照说明书配置，一般轻度脱水的患者每公斤体重需要补充50 - 100毫升的口服补液盐溶液。如果是重度脱水，可能需要静脉补液来纠正水电解质紊乱。