眼睛斜视的原因有多种。一般来说，先天性因素是其中一个重要方面，比如胎儿在发育过程中，眼部的肌肉、神经等结构发育异常，就可能导致出生后出现斜视，据统计，约有15%的斜视患儿存在先天性的眼部发育异常情况。
先天发育异常导致
眼部肌肉发育异常： 胎儿在母体内时，如果眼部的外直肌、内直肌等肌肉发育出现偏差，就可能使眼球运动不协调，从而引发斜视。例如，某研究发现，在先天性斜视患儿中，约40%存在眼部肌肉的起始点、走行等发育异常情况。神经支配问题： 支配眼球运动的神经如果在胚胎发育阶段出现异常，也会影响眼球的正常转动。比如动眼神经、滑车神经或外展神经等在发育过程中出现缺陷，就可能导致眼球运动失衡，引发斜视。
屈光不正引发
近视： 当眼睛存在近视时，看近处物体时需要过度调节，长期这样可能会影响眼部肌肉的平衡。有数据显示，约30%的近视患者如果没有及时矫正，随着近视度数加深，可能会逐渐出现斜视情况。远视： 远视患者看远处物体也需要调节，而看近处物体时调节需求更大。长时间的过度调节可能会导致眼位偏斜。一般来说，中高度远视儿童发生斜视的几率比正常儿童高2 - 3倍。
眼部疾病影响
角膜混浊： 角膜发生混浊病变，会影响光线进入眼内的正常折射，导致双眼看到的物像不能正常融合，进而引发斜视。例如，一些先天性角膜混浊患儿，多数会伴随斜视问题。白内障： 白内障患者晶状体混浊，会影响视觉成像，使双眼成像出现差异，从而容易引发斜视。研究表明，约50%的白内障患儿会合并斜视情况。