眼睛斜视的原因有多种。一般来说，先天性因素是常见原因之一，比如在胎儿发育过程中，眼部肌肉或神经等结构发育异常，大约有15%左右的斜视患儿是因先天性因素导致。
先天性因素：
遗传因素： 如果家族中有斜视病史，孩子患斜视的概率会相对较高。研究发现，遗传因素可能通过影响眼部肌肉的发育和神经支配等方面，增加斜视发生的可能性。眼部结构发育异常： 胎儿在母体子宫内发育时，眼部的肌肉、神经、眼球等结构发育出现偏差，比如眼球肌肉附着点异常等情况，都可能引发斜视。
后天性因素：
神经肌肉因素
支配眼肌的神经异常： 例如动眼神经、滑车神经或外展神经发生病变，会影响眼肌的正常运动协调。比如脑肿瘤压迫神经时，就可能导致相应眼肌运动障碍，进而引发斜视，这种情况在成年人中相对常见。眼肌本身病变： 眼肌本身的炎症、外伤等也会引起斜视。像眼肌受到外伤后，肌肉的正常功能受到影响，就可能出现眼球运动不平衡，导致斜视。
视觉系统因素
屈光不正： 高度近视、远视或散光等屈光不正问题，如果没有得到及时矫正，会影响双眼的视觉平衡。比如近视度数相差较大时，双眼看到的物体大小、清晰度不同，为了克服这种视觉差异，可能会引发斜视，尤其是在儿童生长发育阶段，屈光不正引起斜视的情况较为多见，有超过40%的斜视儿童与屈光不正有关。视觉中枢异常： 大脑视觉中枢对双眼视觉信号的处理出现问题，也会导致斜视。例如脑部的某些病变影响了视觉中枢对眼肌运动的调控，使得双眼不能协调运动，从而引发斜视。
其他因素
全身疾病影响： 一些全身疾病也可能与斜视相关，比如重症肌无力，这种疾病会影响神经肌肉接头处的传递功能，导致眼肌无力，进而出现斜视症状；还有甲状腺相关眼病，患者体内甲状腺激素异常会影响眼部组织，引发眼外肌病变，导致斜视。不良用眼习惯： 长时间的不良用眼习惯也可能诱发斜视，比如长期侧卧看书、在晃动的车上看书等，会干扰双眼的正常协调运动，增加斜视发生的风险。