小肚子坠痛伴腰疼可能由多种原因引起。比如女性生理期时，约有60% - 90%的女性会出现不同程度的下腹坠胀及腰部酸痛，一般月经结束后症状会缓解。
妇科相关原因
盆腔炎： 女性盆腔内的器官发生炎症时，如输卵管、卵巢等发炎，会出现小肚子坠痛且伴有腰疼，同时可能有白带增多、异味等表现。盆腔炎分为急性和慢性，急性盆腔炎起病较急，可能伴有发热等症状；慢性盆腔炎往往是急性未彻底治愈迁延而来，病程较长。宫外孕： 输卵管妊娠是最常见的宫外孕类型，当胚胎在输卵管内着床发育，到一定阶段会导致输卵管破裂，引起小肚子剧烈坠痛并伴有腰疼，常伴有阴道少量出血，这种情况非常危险，需及时就医，约1/3的宫外孕患者有停经史。
泌尿系统原因
输尿管结石： 当输尿管内有结石堵塞时，会引起小肚子坠痛和腰疼，疼痛通常比较剧烈，呈绞痛样，还可能伴有血尿，疼痛可放射至下腹部、腹股沟等部位，部分患者会出现恶心、呕吐等症状，通过超声或CT检查可发现输尿管内的结石。肾盂肾炎： 肾盂肾炎是肾盂和肾实质的炎症，主要由细菌感染引起，患者会有小肚子坠痛、腰疼，同时伴有发热、尿频、尿急、尿痛等症状，尿常规检查可见白细胞、细菌等异常。
肠道原因
急性肠炎： 饮食不洁等原因引起的急性肠炎，可出现小肚子坠痛、腰疼，同时伴有腹泻、腹痛、恶心、呕吐等症状，腹泻严重时可能导致脱水、电解质紊乱等情况，一般发病前有食用不洁食物史。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病，患者也可能出现小肚子坠痛伴腰疼，疼痛程度不一，往往在排便后有所缓解，同时伴有排便习惯改变，如腹泻或便秘，症状可因精神因素、饮食等诱发。