肝穿刺可能出现的副作用包括出血，这是较为常见的情况，穿刺部位可能会有少量出血，一般可自行停止，但严重时可能需要处理；也可能发生感染，若操作过程中无菌操作不严格等，有引发穿刺部位或腹腔感染的风险；还可能出现气胸，当穿刺针损伤到肺部时可能导致气胸；另外，少数人可能会有疼痛不适的感觉，不过多数在可耐受范围内。
出血情况
肝穿刺后局部可能有少量出血，这是因为穿刺会损伤血管，通常出血量较少，身体可自行吸收。对于有凝血功能障碍的患者，出血风险相对更高，这类患者在肝穿刺前需先纠正凝血功能异常。
感染风险
操作过程中若没有严格遵循无菌原则，细菌可能侵入穿刺部位，从而引发感染。老年人、免疫力低下者等感染风险相对较高，术后需密切观察有无发热、局部红肿等感染迹象。
气胸问题
当穿刺针误穿肺部时，就可能导致气胸。有肺部基础疾病的患者发生气胸的可能性相对大一些，发生气胸后可能会出现胸痛、呼吸困难等症状，需及时处理。
疼痛表现
肝穿刺后多数人会有不同程度的疼痛，一般是穿刺部位的疼痛，疼痛程度因人而异。儿童对疼痛的感知和耐受与成人不同，儿童肝穿刺后要更密切关注其有无异常哭闹等疼痛相关表现。