肝穿刺可能出现的副作用包括出血，一般少量出血可自行吸收，但若出血较多可能导致局部疼痛、血肿等；也可能发生感染，表现为穿刺部位红、肿、热、痛，严重时可出现发热等全身感染症状；还可能有气胸情况，多在穿刺过程中损伤胸膜时发生，轻者可能无明显症状，重者会出现胸痛、呼吸困难等；另外，少数人可能出现胆漏，表现为右上腹疼痛等不适。
出血情况
肝穿刺后局部小血管损伤可能引发出血，通常少量出血身体可慢慢吸收，一般数天内可缓解。但如果是较大血管损伤导致出血较多，可能会在局部形成血肿，引起穿刺部位疼痛等不适，需要密切观察出血情况，必要时采取相应处理措施。
感染问题
穿刺部位若未严格消毒或身体抵抗力较低等情况，可能发生感染。感染初期穿刺部位会有红、肿、热、痛表现，随着感染加重可能出现全身症状，如发热等，此时需要进行抗感染治疗。
气胸状况
当穿刺过程中损伤到胸膜时，可能引发气胸。轻度气胸可能没有明显症状，不易被察觉；而较严重的气胸会使患者出现胸痛、呼吸困难等表现，需要根据气胸程度进行相应处理，如少量气胸可观察，大量气胸则需进行胸腔闭式引流等操作。
胆漏现象
部分患者肝穿刺后可能出现胆漏，会表现为右上腹疼痛等不适症状，需要及时就医，采取措施减少胆漏带来的不良影响，如禁食、胃肠减压等，严重时可能需要进一步手术处理。对于特殊人群，如老年人身体机能相对较弱，肝穿刺后出现副作用的风险可能相对较高，需要更加密切地监测生命体征等；孕妇进行肝穿刺需格外谨慎，因为任何操作都可能对胎儿产生影响，必须在充分评估风险后谨慎决定是否进行；有凝血功能障碍的患者，肝穿刺后出血风险大大增加，术前需纠正凝血功能异常等情况，以降低出血等副作用的发生几率。