头皮长小疙瘩并伴有疼痛，可能是由以下原因引起的：
1.毛囊炎：头皮感染细菌、真菌或病毒时，可能会导致毛囊发炎，形成小疙瘩，并伴有疼痛。此外，不注意头皮清洁、长期使用发蜡等造型产品、免疫力下降等也可能诱发毛囊炎。
2.疖子：这是一种由金黄色葡萄球菌感染引起的皮肤疾病，通常表现为红色、疼痛的肿块，几天后可能会形成脓疱。疖子好发于头皮、面部、颈部等部位。
3.皮脂腺囊肿：如果头皮的皮脂腺分泌过多，分泌物无法排出，就可能会形成皮脂腺囊肿。囊肿通常是圆形的，质地较硬，表面光滑，有时会伴有感染，出现红肿、疼痛等症状。
4.带状疱疹：水痘带状疱疹病毒感染后，可潜伏在神经根内，当机体免疫力下降时，病毒可被激活，引发带状疱疹。带状疱疹通常表现为单侧分布的水疱，伴有疼痛，好发于胸部、腹部、面部等部位，也可能出现在头皮上。
5.其他原因：接触性皮炎、银屑病、皮肤肿瘤等也可能导致头皮长小疙瘩并伴有疼痛。
针对这种情况，建议采取以下措施：
1.保持头皮清洁，避免过度搔抓和刺激。
2.注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。
3.如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，不同原因引起的头皮长小疙瘩并伴有疼痛，治疗方法可能不同。在治疗过程中，应遵循医生的建议，按时用药，并注意个人卫生和生活习惯。此外，如果是由于感染引起的，应避免与他人共用毛巾、梳子等物品，以防交叉感染。