肾结石的病因常见的有以下这些情况。一般来说，尿液中某些物质浓度过高是引发肾结石的重要原因，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排泄量增加就容易形成结石。
代谢异常方面
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增多时，就容易形成肾结石。例如，尿钙排泄增多，就会使尿液中钙的浓度升高，超过尿液的溶解度，钙就可能结晶析出形成结石；草酸排泄过多也类似，正常饮食中很多食物含有草酸，像菠菜、苋菜等，如果人体草酸代谢出现异常，草酸排出增多，就容易和钙结合形成草酸钙结石。尿pH值改变：不同成分的结石形成与尿pH值有关。比如尿酸结石多在酸性尿中形成，磷酸镁铵结石则易在碱性尿中形成。正常尿液pH值在5.0 - 7.0之间，当人体某些因素导致尿pH值改变时，就会影响相应物质的溶解度，进而促进结石形成。
局部因素方面
尿路梗阻：如果尿路存在狭窄、畸形等情况，会导致尿液排出受阻，尿液在局部潴留，使尿液中的晶体物质容易沉积下来，从而形成结石。比如肾盂输尿管连接部狭窄，尿液从肾脏排出到输尿管的过程受阻，尿液中的成分就容易积聚形成结石。另外，尿路梗阻还会使肾脏和尿路黏膜受损，也有利于结石形成。感染因素：尿路感染时，细菌、坏死组织等可成为结石的核心，促使尿中晶体附着沉积。而且感染会使尿液pH值改变，有利于某些成分结石的形成，比如细菌分解尿素产生氨，使尿pH升高，磷酸镁铵及磷酸钙沉积形成结石。
其他因素方面
饮食因素：长期摄入高钙、高草酸、高嘌呤饮食容易引发肾结石。像经常大量吃含钙高的食物，如牛奶、豆制品等，或者吃过多草酸含量高的食物，像前面提到的菠菜等，又或者长期大量吃高嘌呤食物，如动物内脏、海鲜等，都可能增加肾结石的发病风险。比如长期高嘌呤饮食会使尿酸生成增多，尿酸排出增加，当尿酸浓度过高时就容易形成尿酸结石。药物因素：某些药物也可能导致肾结石形成。比如维生素D、维生素C摄入过多，会使尿钙、尿草酸排出增加；一些抗生素如磺胺类药物，在尿液中溶解度低，容易形成结晶析出，从而引发结石。