胎儿停止发育的原因有多种。据统计，约50% - 60%的胎儿停止发育是由于胚胎染色体异常导致的，这是最常见的原因之一。
染色体因素：
胚胎自身染色体问题： 受精卵在形成过程中，染色体发生了异常，比如数目异常（多了一条或少了一条染色体）或者结构异常，这样的胚胎往往无法正常发育，就会出现停止发育的情况。而且这种情况在怀孕早期比较常见，尤其是怀孕前3个月内。父母染色体异常遗传： 如果父母其中一方的染色体存在平衡易位等异常情况，有可能遗传给胎儿，从而影响胎儿正常发育，导致胎儿停止发育。
母体因素：
内分泌失调： 比如黄体功能不全，女性怀孕后需要黄体分泌足够的孕激素来维持妊娠，如果黄体功能不足，孕激素分泌不足，就无法很好地支持胚胎发育，容易引起胎儿停止发育。还有甲状腺功能异常，甲状腺激素对胎儿的生长发育至关重要，甲状腺功能减退或者亢进都可能影响胎儿发育，增加胎儿停止发育的风险。子宫异常： 子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，会影响子宫的容积和内环境，不利于胚胎着床和发育；子宫内膜病变，如子宫内膜炎、子宫内膜息肉、宫腔粘连等，也会干扰胚胎的着床和生长，导致胎儿停止发育。
环境及其他因素：
不良生活习惯： 孕妇长期吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胎儿产生毒害作用，影响胎儿的正常发育，增加胎儿停止发育的几率。另外，长期接触有毒有害物质，比如苯、甲醛等化学物质，也会对胚胎造成损害，导致胎儿停止发育。感染因素： 怀孕早期如果孕妇感染了风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，这些病毒可以通过胎盘感染胎儿，引起胎儿宫内感染，进而导致胎儿停止发育。