胎儿停止发育的原因较多，据统计，约50%-60%的早期胚胎停止发育是由于染色体异常导致的。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 这是最常见的原因之一。受精卵在形成过程中，染色体发生了数目或结构的异常，使得胚胎无法正常发育，这种情况在怀孕早期较为多见。比如，多一条染色体或者染色体片段缺失、重复等，都可能引发胎儿停止发育。父母染色体异常遗传： 若父母双方有一方存在染色体平衡易位、倒位等异常情况，有可能遗传给胎儿，从而影响胎儿正常发育，增加胎儿停止发育的风险。
母体因素
内分泌失调： 像甲状腺功能异常就是常见的情况。甲状腺激素对胎儿的生长发育至关重要，无论是甲状腺功能减退还是亢进，都可能干扰胎儿的正常发育进程，导致胎儿停止发育。例如，甲状腺功能减退的孕妇，如果没有得到及时有效的治疗，胎儿停止发育的几率会明显升高。全身性疾病： 孕妇患有严重的糖尿病、高血压等全身性疾病时，会影响胎盘的血液供应和营养物质的传输，使得胎儿得不到充足的养分和氧气，进而引发胎儿停止发育。比如，妊娠合并重度高血压的孕妇，胎盘血管痉挛，胎儿供血不足，容易出现胎儿停止发育的情况。
子宫因素
子宫解剖结构异常： 如子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间，导致胎儿停止发育。另外，子宫肌瘤如果长在宫腔内，占据了胚胎生长的空间，也会对胎儿发育产生不利影响。子宫内膜病变： 子宫内膜炎会影响子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床或者着床后无法正常发育。还有子宫内膜息肉，它会干扰胚胎的种植和发育，增加胎儿停止发育的可能性。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血管内皮细胞，导致胎盘血栓形成，血流灌注减少，从而引起胎儿停止发育。这类自身免疫性疾病引发的胎儿停止发育在临床上并不少见。同种免疫异常： 母体对胎儿免疫耐受失衡，使得母体免疫系统攻击胎儿，影响胎儿正常发育，也可能导致胎儿停止发育。比如，孕妇缺乏某些免疫调节因子，无法对胎儿产生正常的免疫耐受，就可能出现这种情况。