脑积水是由于各种原因导致脑脊液在脑室系统内积聚过多引起的。通常来说，引起脑积水的原因主要有以下几类：
先天性因素导致
神经管发育异常： 在胚胎发育时期，约有2%-5%的胎儿可能出现神经管发育异常情况，这会影响脑脊液的正常循环通路，进而引发脑积水。比如先天性中脑导水管狭窄，就会使脑脊液从第三脑室流向第四脑室的通路受阻，导致脑脊液积聚。染色体异常： 一些染色体异常的情况也可能与脑积水的发生相关，像21-三体综合征等染色体疾病，患病胎儿出现脑积水的概率相对较高。
感染因素引发
颅内感染： 新生儿时期如果发生颅内感染，如化脓性脑膜炎，炎症会导致脑脊液循环通路的粘连、梗阻。据统计，约有10%-20%的化脓性脑膜炎患儿会出现脑积水并发症。细菌感染引起的炎症反应会使脑脊液分泌增多，同时炎症导致的粘连阻碍了脑脊液的正常吸收和循环，从而引发脑积水。寄生虫感染： 脑内感染寄生虫，比如脑囊虫病，寄生虫在脑内寄生会引起炎症反应，导致脑室系统及蛛网膜下腔的粘连，影响脑脊液的正常流动，进而引发脑积水。
出血性因素造成
颅内出血： 新生儿产伤导致的颅内出血，或者外伤引起的颅内出血，如果出血没有及时吸收，血液会刺激脑组织，导致脑脊液循环通路受阻。例如，早产儿颅内出血后发生脑积水的概率约为15%-30%。血液在脑内积聚会影响脑脊液的正常循环，使脑室系统内脑脊液积聚过多。蛛网膜下腔出血： 蛛网膜下腔出血后，血液凝固、机化可能会粘连蛛网膜颗粒，影响脑脊液的吸收。蛛网膜颗粒是脑脊液回吸收的重要结构，其功能受影响会导致脑脊液吸收障碍，进而引发脑积水。
肿瘤因素影响
颅内肿瘤： 颅内的一些肿瘤会占据脑室系统或压迫脑脊液循环通路，导致脑脊液循环受阻。比如第四脑室的肿瘤，会直接堵塞脑脊液从第四脑室流向蛛网膜下腔的通路，引起梗阻性脑积水。常见的能引起脑积水的颅内肿瘤有室管膜瘤、髓母细胞瘤等。肿瘤的生长会不断占据空间，阻碍脑脊液的正常流动，使脑室逐渐扩大，引发脑积水。