孕酮低可能由多种原因引起。女性黄体功能不全是常见因素，比如卵巢黄体发育不良时，就可能导致孕酮分泌不足。另外，内分泌失调也会影响孕酮水平，像甲状腺功能减退等内分泌疾病，会干扰激素的正常调节，进而使得孕酮降低。还有一些疾病因素，如多囊卵巢综合征患者，其体内激素代谢紊乱，也容易出现孕酮低的情况。
黄体相关因素
黄体发育不全： 女性卵巢中的黄体是分泌孕酮的重要结构，如果黄体本身发育不良，就无法产生足够的孕酮。正常情况下，黄体形成并分泌孕酮来维持妊娠早期的稳定，如果黄体发育不全，孕酮分泌量就会不足。黄体功能萎缩不全： 即便黄体形成了，但是其萎缩过程出现异常，也会导致孕酮持续分泌不足。这会影响子宫内膜的正常转化，不利于胚胎着床和维持妊娠。
内分泌系统影响
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对全身的代谢和内分泌调节起着重要作用。当甲状腺功能减退时，会影响到下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而导致孕酮分泌减少。例如，甲状腺激素水平降低会干扰促性腺激素的分泌，进而影响孕酮的合成。高泌乳素血症： 体内泌乳素水平过高时，会抑制促性腺激素的分泌，使得卵巢功能受到影响，孕酮的合成也会随之减少。高泌乳素血症可能由垂体疾病等多种原因引起。
疾病相关因素
多囊卵巢综合征： 这是一种常见的内分泌代谢疾病，患者的卵巢往往存在多个小卵泡，但难以发育成熟并排卵。同时，其体内的激素平衡被打破，雄激素水平升高，会干扰正常的排卵和孕酮分泌机制，导致孕酮偏低。肾上腺疾病： 肾上腺也参与了激素的合成，当肾上腺出现病变时，比如肾上腺皮质功能亢进或减退，可能会影响到与孕酮合成相关的激素调节，进而导致孕酮水平异常。例如，肾上腺皮质增生等疾病可能会影响到孕酮的正常分泌。