扁桃体发炎主要是由病原体感染引起的，其中最常见的病原体是A组乙型溶血性链球菌，约占扁桃体炎致病因素的10%~30%。此外，病毒也是引发扁桃体发炎的重要原因，比如EB病毒、鼻病毒等，由病毒导致的扁桃体发炎约占10%~20%。
病原体感染因素
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。当人体抵抗力下降时，这些细菌就容易侵入扁桃体，引发炎症反应，导致扁桃体红肿、疼痛等症状。例如，在寒冷季节或过度劳累后，人体免疫力降低，细菌就容易趁虚而入。病毒感染： 像EB病毒感染，除了会引起扁桃体发炎外，还可能伴有发热、皮疹等症状；鼻病毒感染引起的扁桃体发炎，往往起病较急，患者会出现鼻塞、流涕等上呼吸道卡他症状，同时扁桃体也会有不同程度的红肿。
自身抵抗力因素
儿童时期抵抗力弱： 儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，相比成年人更容易受到病原体的侵袭。一般3~10岁的儿童扁桃体炎发病率相对较高。比如，在幼儿园等集体环境中，儿童之间密切接触，病原体容易传播，从而增加了扁桃体发炎的几率。过度劳累： 长期过度劳累会使人体的免疫力下降，当身体处于疲劳状态时，扁桃体抵御病原体的能力减弱，就容易发生发炎。例如，一些学生备考期间，长期熬夜学习，身体得不到充分休息，就可能引发扁桃体发炎。
环境因素影响
空气污染： 长期处于污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体，降低扁桃体的防御功能，增加发炎的风险。比如在工业污染严重的地区，居民患扁桃体发炎的概率可能会高于环境良好地区的居民。季节变化： 季节更替时气温变化较大，如果没有及时增减衣物，人体容易受凉，导致呼吸道局部抵抗力下降，从而引发扁桃体发炎。尤其是在秋冬季节和冬春季节交替时，这种情况更为常见。