卵巢囊肿的治疗方式需根据囊肿性质、大小等因素决定。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，有自行消失的可能，可定期复查，观察2~3个月经周期，多数能自行消退。
生理性囊肿的观察处理
小囊肿定期复查： 对于直径在3~5厘米左右的生理性卵巢囊肿，比如滤泡囊肿或黄体囊肿，通常建议每3~6个月进行一次超声检查，监测囊肿大小变化。如果在观察期间囊肿没有增大，甚至缩小或消失，一般不需要特殊治疗。注意生活规律： 在观察期间，要保持规律的生活作息，避免过度劳累，同时保持心情舒畅，因为不良的生活习惯和情绪可能会影响内分泌，对囊肿产生一定影响。
病理性囊肿的治疗方式
手术治疗情况： 若囊肿直径大于5厘米，或者怀疑为病理性囊肿（如巧克力囊肿、浆液性囊腺瘤等），多需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后住院3~5天即可。对于年龄较大且无生育要求的患者，若囊肿为恶性倾向或性质不明，可能需要进行患侧附件切除甚至子宫附件切除等更广泛的手术。药物辅助治疗： 对于一些特殊类型的病理性囊肿，如子宫内膜异位症引起的巧克力囊肿，可在术后辅助药物治疗，常用药物如GnRH - a类药物，使用后可以抑制卵巢功能，减少囊肿复发的几率，但一般需要使用3~6个月，且用药期间可能会出现潮热、盗汗等类似更年期的症状。
不同人群的治疗差异
育龄女性： 育龄女性发现卵巢囊肿时，需考虑生育需求。如果有生育计划，手术时会尽量保留卵巢功能和生育能力，选择对卵巢功能影响较小的手术方式。例如对于卵巢囊肿剥除术，会尽量完整剥除囊肿，保留正常卵巢组织。绝经后女性： 绝经后女性出现卵巢囊肿，由于体内雌激素水平下降，囊肿恶变的风险相对较高，所以一旦发现，多建议积极手术治疗，手术方式可能更倾向于患侧附件切除等更彻底的方式，以防止囊肿发生恶变危及生命。