新生儿肛周脓肿大多会有疼痛表现，且因发生部位不同症状各异。
一、肛周皮下脓肿：其典型症状为肛周有持续性疼痛，咳嗽、排便、下坐都会使疼痛加重，部分患儿还伴有厌食、发热等不适。这是因为肛周皮下脓肿位于肛周部位，该部位的病变会直接引发较为明显的疼痛感受，而身体的一些活动会进一步刺激该部位，导致疼痛加剧，同时可能伴随其他全身性症状。
二、肛提肌上脓肿：由于脓肿位置较深，初期肛门仅轻微坠胀感，但新生儿排便时会刺激局部，使其有明显胀痛，偶尔伴有排便困难。这种情况下，因脓肿位置相对较深，所以初期表现不那么强烈，但在特定情况下，如排便时，就会出现较为明显的症状反应。
三、直肠黏膜下脓肿：典型症状是肛门周围疼痛明显，局部受压或排便时疼痛显著加重，脓肿破溃时可发现脓液自肛门流出。直肠黏膜下脓肿会直接导致肛门周围出现显著疼痛，且在受压或排便这些会影响到该区域的情况下，疼痛会变得更为严重，而当脓肿破溃后会有脓液流出的现象。
四、括约肌间脓肿：该类型脓肿自觉症状相对较少，仅表现为肛门有轻微不适，但随着疾病加重也会引起疼痛，脓肿破溃时可发现有脓液流出。起初症状可能不太明显，但随着病情发展也会有疼痛出现，且会有脓液流出的特征表现。
总之，新生儿肛周脓肿在不同类型下会有不同的具体症状表现，需要仔细观察和辨别。