胚胎停育的原因有多种，据相关统计，大约50%-60%的胚胎停育与染色体异常有关。
染色体因素：
父母染色体异常： 如果父母双方任何一方的染色体存在数目或结构异常，就有可能遗传给胚胎，从而导致胚胎停育。比如平衡易位携带者，他们自身可能表型正常，但孕育的胚胎很容易出现染色体不平衡，进而引发停育。胚胎自身染色体异常： 这是最常见的原因之一，在自然流产的胚胎中，约有50%-60%存在染色体异常。多数情况下是胚胎在发育过程中染色体发生了突变或数目异常，使得胚胎无法正常发育，最终导致停育。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，无法为胚胎提供良好的着床和发育环境，约有20%的胚胎停育是因为黄体功能不全引起的；甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能影响胚胎的正常发育，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足会影响胚胎的生长发育进程，增加胚胎停育的风险。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所。子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会影响子宫的宫腔形态，使胚胎着床后空间受限，不利于胚胎发育；子宫内膜病变，像子宫内膜息肉、宫腔粘连等，会影响子宫内膜的容受性，导致胚胎无法正常着床和发育，有宫腔粘连的女性发生胚胎停育的几率相对较高。免疫因素： 自身免疫异常时，母体的免疫系统可能会将胚胎当作“异物”进行攻击，从而导致胚胎停育。比如抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可引起胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液供应，使胚胎缺血缺氧，最终导致停育。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，可能会对胚胎造成损害，影响胚胎的正常发育，增加胚胎停育的发生几率。长期处于含有这些化学物质的环境中，胚胎受影响的风险会明显升高。辐射暴露： 过高剂量的辐射，如接受X射线检查、长期处于辐射污染环境等，会破坏胚胎的细胞结构和遗传物质，导致胚胎停育。孕期应尽量避免不必要的辐射接触。