胚胎停育指妊娠早期胚胎因某种原因导致发育停止。据统计，胚胎停育在所有临床妊娠中约占15%左右。
染色体异常因素
胚胎自身染色体异常： 这是导致胚胎停育最常见的原因之一。约50% - 60%的早期胚胎停育是由于胚胎自身染色体数目或结构异常引起的。比如常见的三体综合征，如13 - 三体、18 - 三体、21 - 三体等，染色体的异常使得胚胎无法正常发育。父母染色体异常： 若父母一方或双方存在染色体平衡易位、倒位等结构异常，也可能遗传给胚胎，影响胚胎正常发育，增加胚胎停育的风险。
母体因素影响
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，约有30%的胚胎停育与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都会干扰胚胎的正常发育进程。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如严重感染、高热、心脏病心功能不全、高血压等，会使胎盘血流减少，影响胚胎供血供氧，从而导致胚胎停育。例如，孕妇感染风疹病毒、巨细胞病毒等，可能会造成胚胎发育畸形甚至停育。
子宫环境问题
子宫解剖结构异常： 子宫畸形如纵隔子宫、单角子宫等，会影响子宫腔的形态和容积，使得胚胎着床后生长受限。子宫肌瘤尤其是黏膜下子宫肌瘤，会占据宫腔空间，影响胚胎着床及发育。据统计，黏膜下子宫肌瘤患者胚胎停育的发生率相对较高。子宫内膜病变： 子宫内膜过薄或过厚都不利于胚胎着床。子宫内膜炎会破坏子宫内膜的容受性，影响胚胎的种植。比如多次人工流产导致子宫内膜损伤，引起宫腔粘连，使子宫内膜变薄，胚胎难以着床发育。
免疫因素干扰
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体、抗核抗体等自身抗体时，会影响胎盘血管的血栓形成及血流灌注，导致胎盘功能不良，引发胚胎停育。大约10% - 20%的复发性流产与自身免疫异常有关，其中部分就表现为胚胎停育。同种免疫异常： 母体对胚胎免疫耐受不足，将胚胎视为“异物”进行攻击，也会导致胚胎停育。比如自然杀伤细胞活性异常增高，会杀伤胚胎滋养细胞，影响胚胎的正常发育。