生理性腹泻多见于6个月以下的婴儿，其原因主要有以下几方面。
肠道发育不成熟
婴儿的肠道功能还未完全发育成熟，消化酶的分泌相对不足，肠道对母乳或配方奶中某些成分的消化吸收能力有限。例如，母乳中的乳糖酶可能不能完全分解母乳中的乳糖，未被分解的乳糖在肠道内会引起渗透压改变，导致腹泻。一般来说，随着婴儿月龄增长，肠道功能逐渐完善，生理性腹泻情况会有所改善。
母乳喂养特点
母乳喂养的婴儿发生生理性腹泻较为常见。这是因为母乳中含有丰富的营养物质，其中的前列腺素含量较高，前列腺素会促进肠道蠕动，使得婴儿大便次数增多。而且母乳中的免疫球蛋白等成分也会影响肠道的消化吸收过程，不过这种情况通常不影响婴儿的生长发育，婴儿精神状态良好，体重也能正常增长。
个体差异因素
每个婴儿的体质存在个体差异。有些婴儿天生肠道对外界因素的适应能力相对较弱，更容易出现生理性腹泻。比如，部分婴儿对母乳中的某些蛋白质成分相对敏感，虽然不是过敏，但也会导致肠道功能出现短暂的生理性紊乱，表现为腹泻，但大便一般不含有黏液、脓血等异常成分。