生理性腹泻多见于6个月以下的婴儿，这是因为婴儿的消化系统尚未发育完善。母乳中含有丰富的营养物质，同时含有较多的前列腺素和乳糖，前列腺素能促进肠道蠕动，而乳糖有时婴儿的消化酶分泌不足，无法完全消化乳糖，就可能导致生理性腹泻。
肠道发育特点相关原因
肠道屏障功能未成熟：婴儿的肠道屏障功能还不完善，对外界物质的适应能力较差。肠道黏膜薄，免疫球蛋白含量相对较低，这使得肠道容易受到一些因素的影响而出现腹泻情况。一般来说，随着婴儿月龄增长，肠道屏障功能会逐渐完善，生理性腹泻也会有所改善。消化酶分泌不足：6个月以内婴儿的消化酶分泌量相对较少，尤其是乳糖酶。乳糖酶是分解乳糖的关键酶，当摄入母乳或配方奶中的乳糖时，若乳糖酶不足，乳糖不能被充分消化吸收，就会在肠道内被肠道细菌发酵，产生气体，引起腹胀、腹泻等症状。
母乳成分影响因素
前列腺素含量较高：母乳中的前列腺素含量较高，前列腺素能刺激肠道平滑肌收缩，加快肠道蠕动速度，从而导致大便次数增多，出现腹泻表现。这种情况在母乳喂养的婴儿中较为常见，通常婴儿精神状态良好，体重增长正常。乳糖含量及特性：母乳中的乳糖属于短链糖，分子较小，相对容易被肠道吸收，但对于部分消化酶缺乏的婴儿来说，过多的乳糖不能被及时消化，就会引发渗透性腹泻。只要婴儿生长发育不受影响，这种因母乳乳糖导致的生理性腹泻无需特殊处理。
个体差异相关原因
遗传因素影响：有些婴儿生理性腹泻可能与遗传有关，家族中若有类似情况，婴儿出现生理性腹泻的概率可能相对较高。不过遗传因素并不是绝对的致病因素，只是增加了发生的可能性。免疫系统发育阶段：在婴儿免疫系统发育的特定阶段，也可能出现生理性腹泻。此阶段婴儿免疫系统还在不断完善过程中，对外界环境的适应能力处于动态变化中，肠道功能也会随之出现一些阶段性的调整表现，生理性腹泻就是其中一种常见的阶段性肠道功能表现。