生理性腹泻多发生在6个月以内的婴儿身上，这类婴儿外观常显得比较虚胖，并且常有湿疹。其主要原因如下：
消化系统发育不完善
胃肠功能不成熟： 6个月以内婴儿的消化系统还未完全发育成熟，胃肠蠕动较快，消化酶分泌相对不足，对母乳或配方奶中的某些营养成分不能很好地消化吸收，从而导致腹泻。例如，母乳中的乳糖有时不能被婴儿肠道内的乳糖酶完全分解，未被分解的乳糖在肠道内被细菌发酵，引起肠道渗透压改变，出现腹泻。肠道屏障功能弱： 婴儿肠道的屏障功能还不完善，一些大分子物质可能更容易透过肠黏膜进入体内，引发肠道的免疫反应，进而导致腹泻。
母乳喂养因素
母乳特性影响： 母乳喂养的婴儿发生生理性腹泻的情况较为常见。母乳中含有丰富的免疫球蛋白等成分，但同时母乳中的前列腺素含量较高，前列腺素能促进小肠平滑肌运动，增加水和电解质的分泌，从而导致腹泻。一般母乳喂养的婴儿大便次数相对较多，每天可能有3 - 5次甚至更多，但婴儿精神状态好，食欲正常，体重增长也不受影响。母亲饮食影响： 如果母亲饮食中摄入较多的刺激性食物，如辛辣、油腻食物等，也可能通过母乳影响婴儿，导致婴儿出现生理性腹泻。
个体差异因素
遗传因素： 部分婴儿可能存在一定的遗传易感性，导致肠道功能相对更容易出现生理性腹泻的情况。有些家族中婴儿生理性腹泻的发生率可能相对较高，这与遗传因素有关。自身代谢特点： 每个婴儿的自身代谢特点不同，一些婴儿的肠道对母乳或配方奶的适应过程相对较慢，在生长发育的特定阶段更容易出现生理性腹泻。比如在婴儿从新生儿期向婴儿期过渡的阶段，肠道功能逐渐调整，但部分婴儿可能在这个过程中出现生理性腹泻的表现。