功能性子宫出血主要是由内分泌失调等多种因素引起。正常情况下，女性的内分泌系统会精准调节月经周期，当内分泌失调时，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能发生紊乱，就可能引发功能性子宫出血。据统计，约有30% - 40%的功能性子宫出血与内分泌失调相关。
内分泌失调相关因素
下丘脑 - 垂体功能异常：下丘脑分泌的促性腺激素释放激素以及垂体分泌的促性腺激素出现分泌量或节律异常，会影响卵巢功能，进而导致子宫出血。比如长期精神紧张、压力过大等情况，可能干扰下丘脑 - 垂体的正常功能。卵巢功能失调：卵巢排卵异常时，会使孕激素分泌不足或缺乏，子宫内膜不能正常转化，从而引起子宫出血。像青春期女性卵巢功能尚未完全成熟，围绝经期女性卵巢功能逐渐衰退，都容易出现卵巢功能失调导致的功能性子宫出血。
全身性疾病影响
血液病：某些血液病会影响凝血功能，从而引发子宫出血。例如血小板减少性紫癜，患者体内血小板数量减少或功能异常，凝血时间延长，容易出现子宫异常出血的情况。再如白血病，会影响骨髓的正常造血功能，导致凝血因子生成障碍，增加子宫出血的风险。甲状腺疾病：甲状腺功能亢进或减退都会影响内分泌系统，进而影响月经周期，导致功能性子宫出血。甲状腺功能亢进时，身体代谢加快，激素水平紊乱；甲状腺功能减退时，代谢减缓，也会引起内分泌失调，波及子宫出血情况。
子宫本身病变因素
子宫内膜息肉：子宫内膜局部过度生长形成息肉，会影响子宫的正常收缩和内膜修复，导致子宫出血。子宫内膜息肉患者中，约有20% - 30%会出现功能性子宫出血的症状。子宫肌瘤：尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变子宫腔的形态，影响子宫收缩，使内膜面积增大，容易引起子宫出血。有子宫肌瘤的女性中，约有40% - 50%会出现功能性子宫出血的表现。