肝血管瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤，有研究发现约 80%的肝血管瘤患者在出生时就已经存在相关的血管发育基础。
先天发育因素：
血管形成异常： 在胚胎早期，肝脏的血管发育过程中出现了错构，使得血管内皮细胞异常增生，进而逐渐形成肝血管瘤。这种先天的血管发育异常是导致肝血管瘤的一个重要内在因素，从胚胎时期就埋下了隐患。遗传易感性： 有一定的遗传倾向，如果家族中有肝血管瘤患者，那么其亲属患肝血管瘤的风险可能会相对较高，但具体的遗传机制还不是完全清晰，不过已经发现某些基因的异常可能与肝血管瘤的先天性发育异常相关联。
激素影响因素：
雌性激素相关： 女性患肝血管瘤的概率相对略高一些，这可能与雌性激素有关。雌性激素可能会刺激血管内皮细胞的增生，从而促进肝血管瘤的形成或生长。例如，在青春期、妊娠期等雌性激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会有一定程度的变化，有的会增大等。内分泌紊乱： 当人体内分泌出现紊乱时，也可能影响血管的正常状态。比如长期的内分泌失调，会干扰血管的正常调节机制，使得血管内皮细胞容易发生异常增殖，增加了肝血管瘤发生的可能性。
其他因素：
肝脏局部感染： 肝脏局部受到感染后，可能会引起血管的炎性反应，导致血管的结构和功能发生改变，进而促使肝血管瘤的形成。例如，肝脏曾经有过慢性炎症，长期的炎症刺激可能会影响血管内皮细胞的代谢和增殖，最终形成肝血管瘤。肝脏外伤： 肝脏受到外伤后，在修复过程中可能会出现血管的异常重建，导致肝血管瘤的形成。不过这种情况相对来说比较少见，但也是可能的一个因素，外伤引起局部血管的损伤和修复异常，从而引发肝血管瘤。