肝血管瘤的病因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤。据统计，先天性发育异常引起的肝血管瘤较为常见。
胚胎发育因素：
血管形成异常： 在胚胎早期，血管组织的分化过程中出现偏差，使得肝脏局部的血管结构发育失常，进而逐渐形成血管瘤。这种异常的血管形成是先天性的，从胚胎时期就埋下了隐患。内皮细胞异常增殖： 胚胎阶段某些影响内皮细胞增殖的因素出现变化，导致肝脏内的内皮细胞异常增殖，不断聚集形成团块，最终发展为肝血管瘤。
激素影响：
雌性激素相关： 有研究发现，女性肝血管瘤的发病率相对较高，这可能与雌性激素有关。雌性激素可能会刺激血管内皮细胞的增生，使得女性在激素水平变化的影响下更容易出现肝血管瘤。例如，在青春期、妊娠期等雌性激素水平波动较大的时期，肝血管瘤的发生风险可能会有所变化。激素代谢异常： 个体的激素代谢如果出现异常，也可能影响血管的正常状态。比如，某些人体内激素代谢酶的活性异常，导致雌性激素等不能正常代谢，在肝脏局部积累，进而促进肝血管瘤的形成。
其他可能因素：
肝脏局部感染： 肝脏局部如果曾经发生过感染，可能会对血管产生一定的刺激。比如，一些细菌或病毒感染可能会引起血管的炎性反应，导致血管的结构和功能发生改变，长期的炎性刺激可能诱导肝血管瘤的形成。外伤因素： 虽然外伤导致肝血管瘤的情况相对较少，但也有一些报道提及。肝脏受到外伤后，局部的血管可能会发生损伤、修复等一系列变化，在修复过程中可能出现血管异常增生，从而形成肝血管瘤。不过，这种由外伤引起的肝血管瘤发生率较低。