怀孕48天同房后有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕早期，胎盘尚未形成，孕囊在子宫内不稳定，同房刺激可能导致子宫收缩，引起先兆流产，出现褐色分泌物。此外，孕妇的孕激素水平不足、胚胎发育异常等也可能导致先兆流产。
2.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜的增生形成的赘生物，质地脆弱，同房时容易引起接触性出血，导致褐色分泌物。
3.阴道炎或宫颈炎：怀孕后，孕妇体内激素水平变化，容易导致阴道内环境改变，增加感染的风险。阴道炎或宫颈炎时，黏膜充血、水肿，同房可能导致分泌物增多、颜色异常。
4.其他：胎盘前置、低置状态，或孕妇过度劳累、剧烈运动等，也可能引起怀孕48天同房后有褐色分泌物。
需要注意的是，褐色分泌物也可能是其他原因引起，如宫外孕、葡萄胎等。因此，如果出现怀孕48天同房后有褐色分泌物的情况，建议及时就医，进行B超检查、孕激素水平测定等，以明确原因，并采取相应的措施。
在就医前，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和同房，保持外阴清洁，避免感染。如果褐色分泌物持续增多或伴有腹痛、阴道流血等症状，应立即就医。同时，孕妇应按时进行产前检查，密切关注胎儿的发育情况。