怀孕48天同房后有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕早期同房可能刺激子宫收缩，导致先兆流产，出现少量阴道流血，血液在阴道内停留时间较长时，可呈现褐色分泌物。此时需要及时就医，进行超声检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以明确胎儿的情况。如果确诊为先兆流产，医生会根据具体情况给予保胎治疗，如卧床休息、使用孕激素等。
2.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生形成的赘生物，质地脆弱，同房时容易导致息肉破裂出血，表现为褐色分泌物或白带带血丝。通常需要进行手术切除息肉。
3.其他：除上述情况外，还可能与阴道炎、宫颈炎等有关。
此外，怀孕早期孕囊着床尚不稳定，胎盘尚未形成，同房可能增加流产、感染等风险，因此建议怀孕早期尽量避免同房。如果出现褐色分泌物，应注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果同时伴有腹痛、阴道大量流血等症状，应立即就医。
需要注意的是，以上信息仅供参考，具体情况需要医生进行详细的检查和诊断。如果对孕期同房或褐色分泌物有任何疑问或担忧，建议及时咨询医生，以获得个性化的建议和指导。