舌根有溃疡可能由多种原因引起。一般来说，口腔溃疡的发生与多种因素相关，其中免疫力下降是常见原因之一，比如当人体处于疲劳状态时，免疫力可能会在一段时间内降低，这时候就容易出现舌根溃疡，有研究表明约30% - 40%的口腔溃疡发作与免疫力波动有关。
局部创伤因素
牙齿咬伤： 如果牙齿不小心咬伤舌根，就可能形成溃疡。比如在咀嚼食物时，牙齿运动不协调，就容易导致舌根被牙齿碰到，从而引发创伤性溃疡。这种情况在日常生活中比较常见，尤其是那些吃饭速度快、咀嚼不细致的人更容易发生。不良修复体刺激： 口腔内的不良修复体，像不合适的假牙等，会持续摩擦舌根组织，也会引起溃疡。例如假牙的边缘不光滑，长期摩擦舌根，就会使局部黏膜受损，进而形成溃疡。
维生素缺乏
维生素B族缺乏： 当人体缺乏维生素B1、B2、B6等时，容易出现口腔溃疡，包括舌根溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很容易造成维生素摄入不足。有数据显示，约20%的口腔溃疡患者存在维生素B族缺乏的情况。维生素B族参与人体多种代谢过程，缺乏时会影响黏膜的正常代谢，导致黏膜抵抗力下降，容易发生溃疡。维生素C缺乏： 维生素C对维持黏膜的完整性很重要，缺乏维生素C也可能引发舌根溃疡。新鲜的蔬菜水果中富含维生素C，长期不吃蔬菜水果的人就容易缺乏维生素C，从而增加舌根溃疡的发生风险。
系统性疾病影响
消化系统疾病： 像胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等消化系统疾病，可能会影响营养物质的吸收，进而导致舌根溃疡。例如患有胃溃疡的患者，由于消化功能受到影响，营养吸收障碍，就可能出现口腔溃疡的症状。研究发现，约10% - 15%的口腔溃疡患者伴有消化系统疾病。内分泌紊乱： 女性在月经周期、妊娠期等特殊时期，内分泌会发生变化，这时候容易出现舌根溃疡。比如女性月经前期，体内激素水平波动较大，就可能引发口腔溃疡，其中舌根溃疡也可能随之出现。据统计，约25%的女性在月经前期会出现口腔溃疡相关症状。