先天性巨结肠主要症状表现为排便异常，新生儿期多在出生后48小时内无胎便排出，或仅有少量胎便排出，往往需要灌肠等刺激才有较多大便排出。
排便方面的典型症状
胎便排出延迟： 大多数先天性巨结肠患儿在出生后24 - 48小时内没有胎便排出，或者仅有少量胎便排出，这是比较早出现的一个重要表现。比如正常新生儿出生后24小时内就会排出胎便，而患病新生儿超过这个时间还没有胎便排出就要警惕。顽固性便秘： 随着日龄增加，患儿会出现顽固性便秘情况，排便间隔时间会越来越长，可能数天甚至1周左右才排便一次，需要借助开塞露、灌肠等方法才能排便。而且排便时会很费力，肚子可能会胀起来。
腹胀表现
进行性腹胀： 出生后不久就会出现腹胀，并且会逐渐加重。患儿的腹部会明显膨隆，看起来像青蛙肚一样。这是因为肠道内有粪便积聚，导致肠管扩张引起的。例如出生后几天内腹胀就会比较明显，而且随着时间推移越来越严重。
呕吐症状
呕吐情况： 轻度的先天性巨结肠患儿可能会有呕吐现象，呕吐物多为奶汁或胆汁。严重的患儿呕吐会比较频繁，呕吐物量也较多，这是由于肠道梗阻，食物和气体不能顺利通过肠道，向上反流导致的。比如病情较重的患儿可能每隔一段时间就会呕吐一次，呕吐物除了奶还有可能带有黄绿色的胆汁。
全身表现
营养不良： 由于长期排便不畅，营养物质吸收受到影响，患儿会出现营养不良的表现，如体重不增、消瘦、贫血等。因为肠道不能正常有效地吸收食物中的营养成分，所以患儿的生长发育会受到阻碍。发育迟缓： 相比正常儿童，先天性巨结肠患儿的生长发育会迟缓，身高、体重等指标可能都低于同龄正常儿童。这是因为长期的肠道功能异常影响了整体的营养状况和身体的正常代谢。