先天性巨结肠主要症状表现为排便困难，新生儿期多在出生后48小时内无胎便排出，或仅有少量胎便排出，需借助开塞露等刺激才能排便。约有1/3的患儿会在生后2-3周出现低位肠梗阻症状，如腹胀逐渐加重，腹壁紧张发亮，有静脉扩张，可见肠型及蠕动波，肠鸣音增强，呕吐，粪便如便秘状。
粪便性状方面的症状
胎便排出延迟： 大多数先天性巨结肠患儿在出生后24-48小时内没有胎便排出，或者仅有少量胎便排出，比正常新生儿胎便排出时间明显延迟。这是因为病变肠段痉挛，胎便通过困难。顽固性便秘： 随着患儿长大，会出现顽固性便秘，需要经常使用开塞露、肥皂水灌肠等才能排便。而且便秘会逐渐加重，腹胀也会随之逐渐明显。
腹部体征相关症状
腹胀进行性加重： 患儿出生后不久就可能出现腹胀，并且腹胀会逐渐加重。腹部外观呈现膨隆状，严重时腹壁皮肤发亮，有静脉曲张等表现。这是由于肠道内粪便积聚，肠管扩张导致。可见肠型和蠕动波： 在腹胀明显时，可观察到腹部有明显的肠型，也就是肠道形状在腹壁上显现出来，同时还能看到蠕动波，即肠道蠕动时像波浪一样的运动。
全身状况相关症状
发育迟缓： 长期的排便困难、腹胀等会影响患儿的营养吸收，导致患儿生长发育迟缓，体重增长比正常儿童慢，身高也可能低于同龄正常儿童。因为肠道功能异常，食物不能正常消化吸收，营养物质摄取不足。营养不良： 由于肠道对营养的吸收不良，患儿会出现营养不良的表现，比如面色苍白、皮肤干燥、肌肉松弛等。严重时还可能出现贫血等情况，影响患儿的整体健康状况。