治胃食管反流的药物主要有以下几类。一般来说，常用的有质子泵抑制剂等。
质子泵抑制剂
奥美拉唑：通过抑制胃壁细胞的质子泵，减少胃酸分泌，能有效缓解胃食管反流引起的烧心、反酸等症状，作用较为持久。兰索拉唑：同样属于质子泵抑制剂，可抑制胃酸分泌，对胃食管反流导致的食管黏膜损伤有一定的修复作用，服用后通常能较快改善不适症状。
H₂受体拮抗剂
西咪替丁：能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，对轻至中度胃食管反流有一定的治疗效果。但相对质子泵抑制剂，其抑制胃酸分泌的作用强度稍弱一些。雷尼替丁：也是H₂受体拮抗剂，可抑制基础胃酸和刺激引起的胃酸分泌，可用于缓解胃食管反流带来的相关症状，但起效和作用持续时间等方面与质子泵抑制剂有差异。
促胃肠动力药
多潘立酮：可以促进胃肠蠕动，加快胃排空，从而减少胃内容物反流至食管的机会。一般建议在饭前15 - 30分钟服用，能较好地发挥促进胃肠动力的作用。莫沙必利：也是常用的促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善胃食管反流患者的胃肠动力障碍问题，帮助缓解反流相关症状。
黏膜保护剂
铝碳酸镁：能中和胃酸，还可以在食管、胃黏膜表面形成保护膜，减轻胃酸、胆汁等对黏膜的刺激，缓解胃食管反流引起的烧心、胃痛等不适症状。服用后很快就能发挥作用，起效比较迅速。硫糖铝：在酸性环境下可解离出硫酸蔗糖复合离子，能与溃疡或炎症处的蛋白质相结合，形成保护膜，保护胃食管黏膜，对胃食管反流也有一定的辅助治疗作用。