治胃食管反流的药物主要有抑酸药、促胃肠动力药等。一般来说，通过规范用药能有效缓解症状。
抑酸药：
质子泵抑制剂：这类药物能强效抑制胃酸分泌，常用的有奥美拉唑，它可抑制胃壁细胞上的质子泵，从而减少胃酸生成，对胃食管反流引起的烧心、反酸等症状缓解效果较好。H₂受体拮抗剂：像雷尼替丁，能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，不过抑酸作用比质子泵抑制剂稍弱一些，可用于轻至中度胃食管反流患者。
促胃肠动力药：
多潘立酮：能促进胃肠蠕动，加快胃排空，从而减少胃内容物反流至食管。它可在饭前15 - 30分钟服用，能有效改善因胃肠动力不足导致的胃食管反流情况。莫沙必利：也是促进胃肠动力的药物，作用机制与多潘立酮类似，但对全胃肠道的促动力作用可能更强一些，能更好地促进食管、胃的排空，缓解反流症状。
抗酸药：
铝碳酸镁：属于抗酸药，能中和胃酸，还可以在食管、胃黏膜表面形成保护膜，迅速缓解烧心、反酸等症状，可按需服用，一般在症状出现时嚼服。不过它只是临时缓解症状，不能从根本上治疗胃食管反流。对于一些症状较轻的患者，偶尔使用能起到一定的缓解作用。