小孩半夜发烧39度可通过多种方式来处理，包括药物退烧、物理退烧，严重者需及时就医。
一、药物退烧
小孩半夜发烧达39度属于高烧情况较为严重。若家中备有退烧药，可服用相关药物，如布洛芬颗粒、对乙酰氨基酚等，它们具有解热镇痛的作用，能够帮助退烧，促使体温逐渐恢复正常。
二、物理退烧
在进行药物退烧的同时，还可结合物理退烧方法来辅助。比如使用热毛巾擦拭腋窝、腹股沟等部位，这可以起到散热功效。而且要避免给孩子盖得过厚，以防影响散热。同时还要及时补充水分，以此预防脱水情况的发生。
三、就医
如果发烧状况严重或者出现了高热惊厥现象，那最好尽快前往医院的急诊科，配合医生采取适宜的治疗措施。
总之，小孩半夜发烧39度要采取综合措施来应对，根据具体情况合理选择方法，以保障孩子的健康。