肺孢子菌肺炎多见于免疫功能低下人群，起病多较隐匿，潜伏期一般为4-8周。早期可能有逐渐加重的干咳，一般持续1-2周后，会出现发热，体温可在38℃左右，也有部分患者体温可更高。
症状表现特点
呼吸系统症状： 主要表现为进行性呼吸困难，多数患者在起病1-2个月内出现，且呈进行性加重。同时伴有咳嗽，开始为干咳，之后可能有少量黏痰，少数患者会出现脓痰。部分患者还可能有胸痛症状，一般为隐痛。全身症状： 患者常伴有发热，体温多在38-39℃之间，可呈持续性或间歇性发热。同时还可能出现乏力、体重减轻等全身表现，体重可在数周内下降10%以上。
不同人群表现差异
艾滋病患者： 肺孢子菌肺炎是艾滋病患者常见的机会性感染之一，在艾滋病患者中发病率较高。其症状相对典型，除了上述呼吸系统和全身症状外，病情进展较快，若不及时治疗，可能在数周内出现呼吸衰竭。器官移植受者： 由于器官移植后需要长期使用免疫抑制剂，机体免疫力低下，容易发生肺孢子菌肺炎。发病时症状可能不如艾滋病患者典型，发热、咳嗽、呼吸困难等症状可能相对较轻，但同样需要引起重视，因为病情也可能迅速恶化。恶性肿瘤患者： 尤其是接受化疗的恶性肿瘤患者，由于化疗抑制了骨髓造血功能和免疫系统，容易并发肺孢子菌肺炎。此类患者的表现也有其特点，可能在原发病症状基础上出现呼吸系统症状，且免疫力极度低下，感染容易扩散。
辅助检查表现
影像学检查： 胸部X线检查早期可表现为双侧肺门周围弥漫性渗出，呈网状和小结节状影，随着病情进展，可迅速融合成大片状阴影，累及双肺野中外带，呈磨玻璃样改变。胸部CT检查比X线更敏感，可见双肺弥漫性磨玻璃影、网格影，也可出现实变影，部分患者可见支气管充气征。实验室检查： 血气分析可见低氧血症，氧分压降低。血清学检查可检测肺孢子菌的抗体，但抗体检测的敏感性和特异性有限。支气管肺泡灌洗或经支气管肺活检找到肺孢子菌是确诊的重要依据，通过特殊染色（如吉姆萨染色、甲苯胺蓝染色等）可在标本中发现肺孢子菌的包囊或滋养体。