孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性在怀孕早期时，如果孕酮水平低于25nmol/L，就可能存在孕酮低的情况。
黄体功能不全
卵巢因素： 女性的卵巢是分泌孕酮的重要器官，如果卵巢本身出现问题，比如卵巢黄体发育不良等，就会导致黄体分泌孕酮的量不足。正常情况下，卵巢中的黄体在排卵后形成，它会分泌一定量的孕酮来维持妊娠早期的稳定。但如果黄体功能不全，就无法产生足够的孕酮。内分泌失调： 体内的内分泌系统如果出现紊乱，也会影响孕酮的分泌。例如，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能失调，会干扰孕酮的正常合成和分泌。下丘脑分泌的促性腺激素释放激素会影响垂体分泌促性腺激素，进而影响卵巢的功能，当这个调节轴出现问题时，孕酮的分泌就会受到影响。
胚胎发育异常
染色体问题： 如果胚胎本身存在染色体异常的情况，往往会导致孕酮分泌不足。因为正常的胚胎发育需要稳定的激素环境来支持，染色体异常的胚胎会影响相关激素的正常代谢和分泌，其中就包括孕酮。据研究发现，约有50% - 60%的自然流产是由于胚胎染色体异常引起的，而这类胚胎发育异常的情况往往伴随着孕酮低的现象。基因缺陷： 胚胎的基因如果存在缺陷，也会影响孕酮的水平。基因决定了胚胎发育过程中的诸多生理功能，包括激素的分泌调节。当基因出现缺陷时，会干扰孕酮的正常合成途径，导致孕酮分泌量低于正常妊娠所需的水平。
其他因素
年龄因素： 随着女性年龄的增长，尤其是35岁以上的女性，卵巢功能会逐渐衰退，这会影响孕酮的分泌。有数据显示，35岁以上女性怀孕后出现孕酮低的概率相对年轻女性要高一些。因为随着年龄增加，卵巢中的卵泡数量减少，质量下降，黄体功能也会随之减弱。不良生活方式： 长期的不良生活方式也可能导致孕酮低。比如长期熬夜，会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常节律，进而影响孕酮的分泌；过度吸烟、酗酒等也会对内分泌和卵巢功能产生不良影响，导致孕酮水平降低。