孕酮低可能由多种原因引起。女性在孕期时，约有15%左右会出现孕酮低的情况。
黄体功能不全导致孕酮低
卵巢黄体发育不全： 卵巢的黄体是分泌孕酮的重要结构，如果黄体发育不全，就会使得孕酮分泌量不足。正常情况下，黄体形成于排卵后，它的功能维持时间有限，若发育不良，孕酮分泌就会减少。促黄体生成素分泌不足： 促黄体生成素对黄体的发育和功能维持起着关键作用，如果体内促黄体生成素分泌不足，会影响黄体正常分泌孕酮，进而导致孕酮水平降低。
内分泌系统疾病影响孕酮低
甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退时，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而干扰孕酮的分泌。研究发现，约有一定比例的甲状腺功能减退患者会伴随孕酮低的情况。肾上腺疾病： 肾上腺皮质功能亢进等肾上腺疾病，会影响激素的正常代谢，间接影响孕酮的生成，导致孕酮水平偏低。
胚胎因素致使孕酮低
胚胎质量不佳： 如果胚胎本身存在染色体异常等问题，会影响胎盘的正常发育，而胎盘是孕期产生孕酮的重要场所之一，胚胎质量不好可能导致孕酮分泌不足。据统计，约有部分胚胎异常的妊娠会出现孕酮低的现象。胚胎着床异常： 胚胎着床过程不顺利，比如着床位置不佳等情况，也可能影响孕酮的分泌，使得孕酮水平降低。
其他因素造成孕酮低
不良生活方式： 长期熬夜、过度劳累等不良生活方式会影响内分泌系统的正常功能，进而影响孕酮的分泌。有调查显示，长期熬夜的女性孕酮水平异常的概率相对较高。药物影响： 某些药物的使用可能会干扰孕酮的代谢或分泌，例如长期使用某些糖皮质激素类药物等，可能导致体内孕酮水平降低。