孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性在怀孕早期时，如果胚胎发育不太好，就可能出现孕酮低的情况，有研究发现约有15%左右的早孕女性会存在孕酮偏低的现象。
内分泌系统问题
黄体功能不全： 卵巢的黄体分泌孕酮，如果黄体功能出现异常，就会导致孕酮分泌不足。女性的月经周期中，黄体期时黄体分泌孕酮来维持子宫内膜的状态，若黄体功能不全，孕酮水平就会降低。甲状腺功能异常： 甲状腺是人体重要的内分泌器官，甲状腺功能减退时，会影响到激素的正常调节，可能会间接导致孕酮分泌受到影响，使得孕酮水平偏低。
胚胎因素
胚胎质量不佳： 在怀孕早期，若胚胎本身发育不好，比如存在染色体异常等情况，就可能会引起母体孕酮分泌异常，出现孕酮低的情况。据统计，大约有50% - 60%的自然流产与胚胎染色体异常有关，而这类情况往往会伴随孕酮低的现象。
其他因素
生活方式影响： 长期熬夜、过度劳累等不良生活方式可能会影响内分泌系统的正常功能，进而影响孕酮的分泌。比如长期熬夜的女性，内分泌节律被打乱，可能会导致孕酮水平出现波动，有研究显示，长期熬夜人群中孕酮异常的发生率比作息规律人群高约20%。疾病影响： 一些内分泌疾病，如多囊卵巢综合征等，会影响卵巢的正常功能，导致排卵异常，进而影响孕酮的分泌，使得孕酮水平偏低。患有多囊卵巢综合征的女性，其体内激素失衡，孕酮往往处于较低水平。