十二指肠溃疡的临床症状主要有上腹部疼痛，这种疼痛具有一定的规律性，多数患者表现为空腹痛，也就是在空腹时疼痛明显，一般是进食后疼痛会缓解，疼痛时间可能持续几分钟到几小时不等。
疼痛特点
节律性疼痛： 十二指肠溃疡的疼痛多呈节律性，约有2/3的患者疼痛呈节律性。早餐后1 - 3小时开始出现上腹痛，如不服药或进食则要持续至午餐后才缓解。食后2 - 4小时又痛，也需进食来缓解，约半数有午夜痛，患者常可痛醒。疼痛性质： 疼痛性质多样，可为钝痛、胀痛、灼痛或剧痛等，也可表现为仅在饥饿时隐痛不适。
其他伴随症状
反酸、烧心： 由于胃酸分泌过多，患者常常会出现反酸、烧心的症状，感觉有胃酸向上涌，胸骨后有灼热感。消化不良： 患者可能会出现消化不良的表现，如腹胀、恶心、呕吐等。部分患者会有食欲减退的情况，进食量较平时减少。
症状的发作与缓解因素
发作因素： 精神紧张、过度劳累、饮食不规律（如暴饮暴食、饥饿等）、服用非甾体类抗炎药（如阿司匹林等）等因素都可能诱发十二指肠溃疡的症状发作。缓解因素： 进食是主要的缓解因素，进食后食物中和了胃酸，减轻了胃酸对溃疡面的刺激，从而使疼痛缓解。另外，服用抑酸药物也能在一定程度上缓解症状，比如服用质子泵抑制剂后，胃酸分泌减少，疼痛也会减轻。