小儿癫痫的病因较为复杂，可能由多种因素引起。据统计，约有三分之一的小儿癫痫与遗传因素相关，比如某些特定的基因变异可能增加小儿患癫痫的风险。
一、遗传因素
家族遗传倾向： 如果家族中有癫痫患者，那么小儿患癫痫的概率会相对较高。研究发现，某些单基因遗传疾病可直接引发癫痫，像结节性硬化症等，这类疾病往往有明显的家族遗传模式，患儿从父母一方或双方携带致病基因，从而增加了发病的可能性。基因变异影响： 特定的基因变异会干扰大脑的正常电活动调节。例如，一些与神经元离子通道相关的基因发生突变，会导致神经元的兴奋性异常增高，容易引发癫痫发作。
二、脑部发育异常
胚胎期发育问题： 在胎儿发育的胚胎期，如果受到感染、放射线照射或者母体接触某些有害物质等因素影响，可能导致胎儿脑部结构发育异常。比如胎儿在子宫内时脑部神经细胞的增殖、迁移等过程出现障碍，就可能为小儿癫痫的发生埋下隐患。出生时的脑损伤： 早产、难产、新生儿窒息等情况都可能造成小儿脑部缺氧缺血，进而引起脑部损伤，增加癫痫发病几率。有数据显示，出生时发生过重度窒息的新生儿，患癫痫的风险比正常出生的婴儿高出数倍。
三、脑部感染性疾病
病毒感染： 如儿童时期患过脑炎，由单纯疱疹病毒、肠道病毒等感染引起的脑炎，在病情恢复后有可能遗留癫痫后遗症。因为脑部感染会导致脑组织炎症、水肿，损伤神经细胞，破坏大脑的正常功能，使得大脑神经元异常放电，从而引发癫痫。细菌感染： 像化脓性脑膜炎，如果没有得到及时有效的治疗，也可能影响脑部组织，引发小儿癫痫。细菌感染导致的炎症会刺激脑部神经，改变神经细胞的电活动，最终诱发癫痫发作。
四、代谢紊乱等其他因素
代谢性疾病： 某些先天性的代谢紊乱疾病，例如苯丙酮尿症，由于患儿体内缺乏特定的酶，导致代谢产物堆积，影响大脑的正常功能，容易出现癫痫发作。这类疾病多在婴儿期就会表现出相关症状，需要通过特定的检查来早期发现并干预。中毒因素： 小儿误服或者接触某些有毒物质，如农药、重金属等，也可能引发癫痫。这些有毒物质会损害脑部组织，干扰神经细胞的正常代谢和功能，导致神经元异常放电，引发癫痫发作。