小儿癫痫的病因较为复杂，可能由多种因素引起。据统计，约有30%左右的小儿癫痫与遗传因素密切相关。
遗传因素导致
基因缺陷引发： 某些小儿癫痫是由于基因存在缺陷导致的。比如一些单基因遗传疾病，会使患儿的神经系统发育出现异常，从而增加癫痫发作的风险。如果家族中有癫痫病史，尤其是近亲中有癫痫患者，那么小儿患癫痫的遗传概率会相对较高。
脑部结构异常所致
先天性脑部发育畸形： 胎儿在发育过程中，受到某些不良因素影响，可能出现先天性脑部发育畸形，像大脑皮质发育异常等情况。这会使得脑部的神经细胞异常放电，进而引发癫痫。例如无脑回畸形、巨脑回畸形等，都可能导致小儿癫痫的发生。脑部外伤引起： 小儿在成长过程中如果头部受到外伤，比如严重的车祸伤、高处坠落导致头部受伤等，造成脑部组织损伤，也容易引发癫痫。外伤后脑部的瘢痕形成、脑组织的缺血缺氧等都可能成为癫痫发作的诱因。
感染因素引发
颅内感染： 当小儿受到病毒、细菌、寄生虫等感染引发颅内感染时，如脑炎、脑膜炎等，炎症会刺激脑部神经，导致神经细胞的功能紊乱，从而诱发癫痫。例如病毒性脑炎患者，在病情发展过程中就可能出现癫痫发作的症状。
代谢紊乱导致
低血糖： 小儿如果长时间饥饿或者患有某些代谢性疾病，可能会出现低血糖情况。血糖过低会影响脑部的能量供应，使得脑部神经功能失调，进而引发癫痫。一般血糖低于2.8mmol/L时，就可能出现神经功能异常相关症状，包括癫痫发作。低血钙： 小儿体内钙代谢异常，出现低血钙时，也会影响神经肌肉的兴奋性，导致脑部神经细胞不稳定，容易放电异常引发癫痫。正常血钙浓度在2.25~2.75mmol/L，当低于2mmol/L时，就可能出现低钙性抽搐等类似癫痫发作的表现。