习惯性拉肚子可能由多种原因引起。比如肠道感染后未完全恢复，有些患者肠道感染治愈后，可能会有长达数周的肠道功能紊乱，出现习惯性拉肚子的情况。
肠道本身的问题
肠道菌群失调：正常肠道菌群对维持肠道正常功能很重要。当长期使用抗生素、饮食不均衡等情况发生时，就可能导致肠道菌群失调。比如长期大量使用广谱抗生素，会破坏肠道内原本平衡的菌群环境，有益菌数量减少，有害菌相对增多，从而影响肠道的消化和吸收功能，引发习惯性拉肚子。一般这种菌群失调可能持续数周甚至更久。肠易激综合征：这是一种常见的功能性肠病。患者的肠道比较敏感，容易受到情绪、饮食等因素影响。比如压力大、焦虑时，或者吃了辛辣、油腻等刺激性食物后，就可能出现习惯性拉肚子的情况。女性患肠易激综合征的概率相对可能稍高一些，而且这种情况会反复出现。
全身性疾病影响
甲状腺功能亢进：甲状腺激素分泌过多会加快身体的新陈代谢，包括肠道的蠕动也会加快。这样食物在肠道内停留的时间缩短，就容易导致拉肚子，而且可能呈现习惯性的特点。据研究，约有部分甲状腺功能亢进患者会出现肠道功能紊乱相关症状，其中就包括习惯性拉肚子。糖尿病：糖尿病患者如果血糖控制不佳，可能会影响自主神经功能，进而影响肠道的神经调节。使得肠道的蠕动和分泌功能出现异常，导致习惯性拉肚子。特别是长期高血糖未得到有效控制的患者，这种情况发生的可能性会增加。
饮食与生活习惯因素
饮食不规律：长期不定时进餐，或者过度节食、暴饮暴食等，都会打乱肠道的消化节律。比如经常不吃早餐，或者晚餐吃得过饱，都可能影响肠道正常的消化吸收，引发习惯性拉肚子。有些人可能连续几周甚至几个月都有不规律饮食的情况，从而导致肠道功能紊乱。食物不耐受：比如有些人对乳糖不耐受，体内缺乏分解乳糖的乳糖酶，喝了牛奶等富含乳糖的食物后，就会出现拉肚子的情况。如果长期持续摄入这类食物，就会表现为习惯性拉肚子。而且不同人食物不耐受的情况不同，可能持续存在。