毛霉菌病的治疗通常需要综合多种手段，一般来说，抗真菌药物是主要的治疗方式。例如，常用的抗真菌药物有两性霉素B等。
抗真菌药物选择
两性霉素B： 是治疗毛霉菌病的重要药物之一，它通过与真菌细胞膜上的固醇结合，改变细胞膜的通透性，从而发挥抗真菌作用。不过，使用两性霉素B可能会有一些副作用，如发热、寒战等，但它对毛霉菌有较好的抑制效果。泊沙康唑： 属于三唑类抗真菌药物，对于毛霉菌病也有一定的治疗作用，尤其在一些不能耐受两性霉素B的患者中可能会被选用。
手术治疗方面
早期清创： 如果患者有局部的感染病灶，如皮肤或软组织的毛霉菌感染，早期进行彻底的清创手术非常关键。通过手术清除受感染的组织，可以减少真菌的负荷，提高治疗效果。一般建议在确诊后尽快评估是否需要进行清创手术。病灶切除： 对于一些较为严重的感染情况，如肺部毛霉菌病出现较大的感染病灶甚至坏死组织时，可能需要进行病灶切除手术。但手术的实施需要严格评估患者的全身状况等因素。
基础疾病控制
控制基础疾病： 很多毛霉菌病患者往往有基础疾病，如糖尿病、恶性肿瘤、长期使用免疫抑制剂等。对于糖尿病患者，需要严格控制血糖水平，一般要将血糖控制在相对理想的范围，如空腹血糖控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右等，良好的血糖控制有助于毛霉菌病的治疗。对于长期使用免疫抑制剂的患者，可能需要调整免疫抑制剂的使用方案，在保证基础疾病治疗的同时，尽可能减少对免疫系统的过度抑制，利于感染的控制。