三个月宝宝消化不良的症状主要有腹胀、腹泻、呕吐等。具体如下：
一、腹胀：由于宝宝的胃肠道发育还不完善，而母乳中可能存在不易消化的成分，这就容易致使宝宝消化不良，进而出现腹部胀气现象，此时腹部会鼓起，且可能伴有神情不安的表现。
二、腹泻：这种情况还可能引发腹泻，宝宝胃肠道受到刺激后蠕动加快，就容易有大便稀薄的情况，大便呈现绿色或泡沫状，同时还可能伴随腹泻症状。
三、呕吐：消化不良还有可能刺激宝宝胃部，导致局部肌肉痉挛，从而出现吐奶现象，吐奶呈现为豆腐渣状。除了以上这些症状外，还可能有其他一些可能的症状，比如哭闹不止、食欲不振、口臭等。如果宝宝身体不适症状比较明显，家长应及时带其前往医院进行检查和治疗，以免耽误病情。
总结：三个月宝宝消化不良可能出现腹胀、腹泻、呕吐等多种症状，还可能伴有哭闹不止等情况，家长需密切关注，出现明显不适及时就医。